Самой вероятной причиной хронических бактериальных простатитов являются грамотрицательные уропатогенные бактерии (E.coli, Klebsiella spp., Pseudomonas spp.) и грамположительные бактерии (E.faecalis., Staphylococcus spp.). Также возможными этиологическими факторами могут быть облигатно-анаэробные бактерии, уреаплазмы, пропионобактерии. Для диагностики бактериальных простатитов и определения их причин, обычно берут 1-ю и 2-ю части мочи, выполняют массаж предстательной железы для получения ее секрета, затем берут 3-ю часть мочи. Первая проба мочи показывает состояние микрофлоры уретры, вторая - мочевого пузыря, а третья - простаты. Если концентрация бактерий превышает 10^3 КОЕ в мл, определяют вид колоний, проводят их дальнейшую идентификацию и проверяют чувствительность к антибактериальным препаратам. Если колонии неоднородны и имеют разную морфологию, можно подозревать контаминацию пробы и провести повторное исследование. Для обнаружения инфекций гениталий, вызванных, к примеру, Chlamydia trachomatis, Ureaplasma urealyticum, Mycoplasma hominis, а также аэробными бактериями и вирусами, требуются дополнительные исследования.
Исследование влияния микроорганизмов на процесс развития неспецифических воспалительных заболеваний мочеполовой системы у мужчин является важной задачей, требующей тщательного изучения. Среди возбудителей, выявленных в ходе исследования, следует выделить коагулазонегативные стафилококки, Staphylococcus aureus, Streptococcus agalactiae, Enterococcus faecalis, Streptococcus spp., Escherichia coli, Enterobacter spp., Klebsiella spp., а также грибы рода Candida.