Микрофлора наружных половых органов человека включает эпидермальные стафилококки, коринеформные бактерии, зеленящие стрептококки, сапрофитические микобактерии (Myc. smegmatis), кандида и энтеробактерии. На слизистой оболочке уретры у мужчин в норме обнаруживаются стафилококки, энтеробактерии, ацинетобактеры и псевдомонады с уровнем роста < 10^4 КОЕ/мл (I и II степени роста).
У здоровых женщин репродуктивного возраста микрофлора влагалища содержит 10^7–10^10 микроорганизмов на 1 мл. Влагалище преимущественно заселено лактобактериями, бифидобактериями, бактероидами, пропионибактериями, порфириномонадами, превотеллами, пептострептококками, коринеформными бактериями и другими микроорганизмами. Аэробные бактерии составляют 10^5–10^8 КОЕ/мл, а анаэробные — 10^8–10^9 КОЕ/мл. В репродуктивный период жизни преобладают грамположительные бактерии, тогда как в период менопаузы их заменяют грамотрицательные бактерии.
Примерно у 5-60% здоровых женщин обнаруживаются Gardnerella vaginalis; у 15-30% — Mycoplasma hominis; у 5% — бактерии рода Mobiluncus. Вагинальная микрофлора делится на облигатную и факультативную. Облигатная микрофлора состоит из микроорганизмов, которые постоянно присутствуют в составе нормальной микрофлоры и играют важную роль в метаболизме организма-хозяина и защите от инфекционных агентов. Факультативные микроорганизмы могут встречаться у здоровых женщин, но не постоянно.
Состав микрофлоры зависит от различных факторов, включая фазу менструального цикла, беременность, использование медикаментов (в том числе антибиотиков и гормональных препаратов). Выделение определённых возбудителей не всегда свидетельствует о воспалительном процессе. Важным фактором является состояние макроорганизма, степень инфицирования и вирулентность микроорганизма.
Интерпретация результатов микробиологического исследования биоматериала, полученного при обследовании половых органов, требует учёта совокупности факторов: данных микроскопии первичных мазков, результатов посевов на питательные среды и клинических проявлений заболевания. Этиологически значимыми считаются микроорганизмы, присутствующие в титре более 10^5 КОЕ/мл.